O delta do rio Parnaíba caracteriza-se pelo seu grande número de ilhas e ilhotas, separadas uma das outras por um labirinto de canais de rio. Dentre elas distinguem-se, a Ilha Grande de Santa Isabel, no Piauí, e a Ilha das Canárias, Ilha do Caju e Ilha Grande do Paulino, no Maranhão.

As Ilhas deltáicas mais distantes do mar, circundadas por águas doces, mostram-se marginadas por Rhizophora mangle ( mangue vermelho), vez por outra associado com Montrichardia linifera (aninga), e Eichornia crassipes (baroneza ou água- pé). No interior dessas ilhas dividem-se as espécies de Avicennia tomentosa, Drepanocarpus lunatus, Copernicea prunifera e Astrocarium tucumoides.

Já as ilhas que se destacam em meio à massa de água salgada, apresentam na face onde se faz sentir a ação das ondas marítimas, uma faixa de dunas, a partir da qual começam a surgir espécies pioneiras - ipomoea pes-capre, ipomoea asarifolia, indigofera microcarpa, cassia tetraphylla e algumas espécies de gramíneas e ciperáceas. o restante do cinturão de contorno e as áreas mais interiores oferecem no geral, as mesmas características vegetacionais descritas em relação às ilhas do delta que povoam a água doce.

A Ilha do Caju, por ser a única preservada, e, portanto, evidenciando-se como a de melhor representatividade em relação aos recursos naturais da flora e da fauna, preservados graças ao zelo, interesse e compreensão de seus proprietários, oferece a possibilidade de observação e estudo dos ecossistemas que ocorrem no delta.

Sob a influência da maré e dos ventos, formam-se, na face voltada para o oceano, dunas, onde surgem as primeiras espécies psamófilas e halófilas , seguidas de outras também psamófilas , porém, não tanto halófilas. Por trás das dunas, desenvolve-se progressivamente uma vegetação de maior porte, acentuando-se a presença de uma mata arbustiva subcaducifólia, com alguns exemplares arbóreos esparsos. A parte do contorno destituída de dunas é ocupada por manguezal, que pode ocupar também partes alagadas e margens dos igarapés no interior da ilha. constata-se, ainda, a presença de vegetação hidrófila, em pequenos lagos de água doce. A sua vegetação, nada difere daquela que é própria do complexo litorâneo nordestino. As espécies características desses tipos de vegetação compreendem:

ipomoea pes - capre

ipomoea asarifolia

indigo-fera microcarpa

borreria veticilata

cassia tetraphylla

cassia ramosa

cassia flexuosa

gramíneas

ciperáceas

  Gênero Espécie Nome Vulgar

Rhizophora mangle Mangue vermelho

Avicennia tomentosa

Avicennia litida Mangue siriba

Laguncularia racemosa Mangue manso

Conocarpus ereta Mangue / Canafistula de boi

Na mata :

 Gênero Espécie Nome Vulgar

Mouriri guianensis Puçá

Anacardim microcarpum Cajuí

Dioclea grandiflora Mucunã

Caesalpinia bracteosa Catingueira

Pithecellobium multiflorum Muquém / Canafístula de boi

Cassia ramosa

Cassia rotundifolia

Cassia tetraphylla

Phaseolus peduncularis

Manilkara triflora Massaranduba

Zornia marajoara

Hymenaea stilbocarpa Jatobá - miúdo

Hymenaea stigonocarpa Jatobá de casca fina

Hymenaea courbaril Jatobá

Abrus precatorius Jiquiriti

Copaifera langsdorffii Pau d' óleo

Peltogyne confertiflora Pau roxo

Pithecollobium foliosun Jurema - branca

Basanacentha spinosa

Cereus jamacaru Mandacaru

Bursera leptophloeos Imburana - de - espinho

Psidium araça Araça

Cassia trichopoda

Tephrosia cinerea

Tabebuia serratifolia Pau d' arco amarelo / Pau d'arco roxo

Lonchocarpus sericeus

* Encontrando-se também espécies não de imediato determinadas, pertencentes aos gêneros : entada, celtis, ouratea, cedrella, byrsonima, centrosema, ruellia, zornia, croton, polygala, connarus, guettarda, tocoyena, diodia, coccoloba, cyperus, myrtia, eugenia, e maytenus

neptunia oleracea

neptunia plena

aeschynomene evenia

aeschynomene marginata

aeschynomene rudis

sesbania exasperta

salvinia curiculata

eichornia crassipes

lemna minor

e outras espécies dos gêneros : nymphea, alisma, hidrocleis e drosera.